Gedung Madrasah dibangun secara permanen pada tahun 1997. diserah terimakan pada tanggal 17 Juli 1997  untuk MIN Kalisari. Kepala MIN Kalisari saat itu Bapak H. Tukimin, S.Ag. Pada tahun 1997 mulai dioperasikan dengan menerima siswa baru untuk kelas jauh (KJ) MIN 3 Cijantung. MIN Kalisari dibawah Pimpinan Bapak H. Tukimin, S.Ag berlangsung selama 6 tahun yaitu dari tahun 1997 – 2002, kemudian digantikan oleh Bapak Drs. Sastro Jago Hartono (2002 – 2004), kemudian digantikan oleh Bapak Muhammad Zubad (2004 – 2009). MIN 18 Jakarta Timur di definitifkan pada tahun 2009 dengan kepala madrasah Ahmad Ripai, S.Ag. Beliau memimpin selama 2 tahun (2009–2011) dan penerusnya adalah Bapak H. Muhimin,S.Ag dalam periode (2011-2018), pada periode 2018-2020 dipimpin kembali oleh Bapak H. Tukimin, S.Ag selanjutnya tongkat kepemimpinan dilanjutkan kembali oleh Ibu Hairunisah, M.Pd pada bulan Januari 2020 sampai dengan sekarang